Tài chính UNESCO được xây dựng từ hai nguồn ngân sách. Một nguồn từ ngân sách thường xuyên thu từ đóng góp tài chính bắt buộc của các nước thành viên. Mức đóng góp của các nước căn cứ tiềm năng kinh tế của mỗi quốc gia. Năm 2000 số lượng các quốc gia thành viên nghèo nhất chỉ phải đóng góp 0,ânsáxe mg001% ngân sách thường xuyên của UNESCO (có khoảng 40 nước). 

Mức đóng góp cao hơn một chút (có khoảng vài chục quốc gia) đóng góp 2%. Với mức đóng góp 25% trong tổng ngân sách thường xuyên Nhật Bản trở thành nhà bảo trợ tài chính chủ yếu của UNESCO. Ngân sách Thường xuyên hai năm 2002-2003 của UNESCO là 544 triệu $US, cho giai đoạn 2004-2005 là 610 triệu US$, và những con số này vẫn rất khiêm tốn nếu so sánh với ngân sách thường xuyên của các tổ chức quốc tế khác như UNICEF hoặc UNHCR (cả hai tổ chức này có nguồn ngân sách riêng lớn gấp bốn lần của UNESCO). Nguồn ngân sách thường xuyên được sử dụng để duy trì bộ máy hoạt động của Ban Thư ký UNESCO, phần còn lại dành cho các chương trình hoạt động đã được Đại hội đồng thông qua, gọi là các Chương trình Ngân sách.

Ngoài ra nhiều chương trình hoạt động của UNESCO được triển khai nhờ các nguồn đóng góp ngoài ngân sách (đóng góp không bắt buộc, không thường xuyên, đột xuất) từ các quốc gia hoặc các tổ chức, cá nhân khác hoặc do UNESCO tiến hành vận động để giúp các quốc gia thực hiện các dự án ngoài ngân sách. Nguồn ngân sách này gọi là Ngân sách Không thường xuyên. 

Các chương trình hoạt động bằng nguồn ngân sách này gọi là các Chương trình Ngoài ngân sách. Đây là một nguồn tài chính đáng kể hàng năm bổ sung vào ngân sách của UNESCO để triển khai các chương trình và dự án ở các quốc gia thành viên. Ngân sách Không thường xuyên của UNESCO trong khoá ngân sách 2002-2003 đạt được là 400 triệu US$.

PV